近代RTO裝置大多采用PLC( Programmable Logic Controller)編程控制系統來實現全自動控制。可編程序控制器是一種數字運算操作的電子系統，可用于各類工業設備、裝置的控制。PLC采用了可編程序的存儲器，用來在其內部存儲執行邏輯運算、順序控制、定時、計數和算術運算等操作指令，并通過數字的或模擬的輸入和輸出來控制各種機械設備或生產過程。

基于對裝置系統各重要部位的參數測定，例如對進、出口氣體的參數(濃度、溫度、流量等),燃燒室、燃燒器、蓄熱體床層、閥體等重要參數(例如：溫度、壓力、燃料供給量等)的測定，并迅速反饋。用PLC強大的通訊模塊可方便地對裝置系統進行遠程控制和數據采集，并實現實時監控；以及采用觸摸式顯示屏( Panelview)使操作十分方便。基于PLC的溫度安全系統TSS( Temperatur Saftety System)可以確保裝置各部位在正確的溫度條件下運行。

例如：燃燒室的溫度傳感器能快速反應爐膛內溫度，并通過PIC系統快速調節高溫旁路閥門的開度，使燃燒室溫度穩定在預定的水平；當溫度超過規定值時，系統自動發出報警；若溫度超過了限值，則系統自動進入保護運行程序。為節省風機電耗，采用變頻調節系統VFD( Variable Frequency Drive)來適應廢氣流量的變化，特別當廢氣源來自多個生產過程時應用VFD更為合適；通過改變風機的轉速，使風機的功率與生產過程的需求相匹配，即有多大風量，就用多大功率，使電能消耗最小。燃燒系統設有點火前自動吹掃、熄火保護、超溫警報、超溫自動切斷燃料供紿保障系統等設施；以及通過PID(光離子檢測器)的在線檢測，通過燃燒室內溫度的反饋信號來調節燃燒器供熱能力。